Organizacja Drugiego Urzędu Skarbowego w Białymstoku została określona Regulaminem organizacyjnym Drugiego Urzędu Skarbowego w Białymstoku nadanym przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Białymstoku na podstawie Zarządzenia Ministra Finansów z dnia 5 lutego 2019 r. w sprawie organizacji Krajowej Informacji Skarbowej, izby administracji skarbowej, urzędu skarbowego, urzędu celno-skarbowego i Krajowej Szkoły Skarbowości oraz nadania im statutów.